就業規則の変更については、その都度遅滞なく所轄の労働基準監督署長へ届出る必要があります。
数年に1回、複数の変更分をまとめて届出すればよいわけではありません。

変更機会は法改正の場合もありますし、
自社の賃金制度を変更する場合やフレックスタイム制を導入する場合など様々です。

法改正に迅速に対応し、常にアップデートしていくことが必要とはいえ、
現実的には手が回らず滞っている会社も多いかもしれませんので、
社労士などの専門家に定期的にチェックしてもらうことをお勧めします。毎年の健康診断と同様です。

そのメリットとして、
①従業員からの質問に、使用者側がきちんと根拠をもって説明でき良好な労使関係が築ける。
②労働者の定着促進や、生産性の向上を図るための助成金を活用しやすくなる。
などがあります。

逆に変更届をしないペナルティは、30万以下の罰金に処される可能性があります。

【参照条文　労働基準法第89条、120条1項】